El proceso de fortalecimiento del Estado.

Los estados modernos han representado un poder centralizado, cuya manifestación se ha visualizado en un conjunto de instituciones independientes de la sociedad, por las que se construye una dominación sobre la misma sociedad. Dicha dominación ha sido de diversa índole: judicial, económica, política, militar e ideológica. Quizá la forma más conocida del Estado ha sido el Gobierno, o los denominados tres poderes: Ejecutivo, Legislativo y Judicial.
Desde la Constitución de 1824, las autoridades del país establecieron esa división de poderes centrales (con uno más, el Representativo). Por supuesto, la lenta construcción de un poder centralizado no fue posible por sí mismo, sino gracias a la cooperación de diversas corporaciones (milicias, cuerpos de seguridad, municipalidades) y a una incipiente burocracia que apenas se formaba en los centros urbanos o rurales (gobernadores, jueces, letrados).

La formación del Estado salvadoreño fue, como dijimos, un proceso lento y no exento de dificultades o complicaciones. El Estado salvadoreño adquirió aún más fortaleza y estabilidad a partir de 1880 aproximadamente, a pesar de las injerencias políticas de los gobernantes guatemaltecos. Fue entonces cuando el aparato estatal empezó a tener una presencia efectiva en el territorio nacional o al menos en la región de mayor crecimiento económico: la región cafetalera de Occidente. Por ejemplo, las nuevas
leyes de la década de 1880 otorgaron al Estado la responsabilidad de hacer cumplir las nuevas normas legales que sentaron las bases para la economía agraria moderna. Estas incluyeron la privatización de las tierras comunales y garantías del cumplimiento de los contratos, especialmente aquellos entre peones y hacendados.
Sin embargo, una de las características fundamentales del Estado moderno fue su aconfesionalidad, es decir, la separación de sus funciones de la esfera religiosa. A este proceso se le conoce como separación Iglesia-Estado.

De ahí que una de las corporaciones decisivas en la formación del Estado salvadoreño fue la Iglesia Católica. Su papel fue ambiguo. Por una parte, fue una aliada ideológica del Estado, pues defendió y legitimó el poder político desde argumentos religiosos. Pero, por otra parte, su dominio en ciertos ámbitos, como la enseñanza primaria, la educación universitaria, la administración de cementerios, el matrimonio religioso o la censura eclesiástica, se convirtió en obstáculo para la construcción de un poder civil. No en vano hacia 1870, inició el proceso por el cual muchas de estas atribuciones de la Iglesia comenzaron a ser recortadas. Por ejemplo, se dictaron leyes que reglamentaron una enseñanza laica o secular en las escuelas; la administración de los cementerios pasó de manos de los párrocos a las municipalidades y en las constituciones se incorporaron artículos que minaron el monopolio psicológico que ejercía el catolicismo como, por ejemplo, cuando se declaró la libertad de culto.
Con todo ello, las autoridades civiles mostraron que no era posible obedecer a dos señores: al papado y al Estado.